Sejarah pembentukan CIS tak lepas dari situasi kemanusiaan awal september 1999, paska jajak pendapat Timor-Timur. Dimana kurang lebih 288.000 keluarga pengungsi eksodus dari Timor Timur ke wilayah Timor Barat untuk menyelamatkan diri dan mencari tempat aman setelah terjadi banyak pembunuhan, pembakaran dan penjarahan di Timor Timur. Para pengungsi yang datang ke Timor Barat berada dalam kondisi yang sangat memprihatinkan mereka tidak saja lapar, tak punyak pakaian dan rumah yang layak tetapi juga berada dalam suasana ketakutan dan trauma. Banyak diantara mereka - terutama perempuan dan anak-anak - kehilangan anggota keluarga mereka serta mengalami intimidasi/kekerasan bahkan perkosaan selama chaos pasca jajak pendapat dan selama perjalanan mereka dari di Timor -Timur ke Timor Barat.

Situasi Kemanusiaan ini, mendorong sejumlah pemuda dan mahasiswa Kristen yang tergabung dalam GAMKI (Gerakan Angkatan Muda Kristen Indonesia) dan GMKI (Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia) cabang Kupang. Dan dengan dukungan Biro Pemuda PGI dan CD Bethesda Yogyakarta serta sejumlah Senior/rita GAMKI dan GMKI di Kupang untuk bergerak cepat dan mengulurkan solidaritas serta bentuk konkrit pelayanan kemanusiaan mereka dengan mengorganisir diri dalam kelompok yang terus dinamakan CIS (Center for IDP's Service) GAMKI-GMKI NTT pada 9 september 1999, segera setelah eksodus besar-besaran pengungsi ke Timor Barat. Bergabung pada saat itu, 35 relawan yang berasal dari dua lembaga pendiri yakni GAMKI dan GMKI. Workshop for Volunteers yang dilakukan atas dukungan CD Bethesda Yogyakarta dan relawan dari TRUK Jakarta, menandai aktifitas relawan CIS sebagai Community Organizer untuk krisis pengungsi di Timor Barat.

---------------------------